@Francisco
Debes borrar el archivo wp-config.php que creo WordPress Mu al instalarse, recargas la página y metes los mismos datos que pusiste antes (base de datos, usuario, contraseña, todos iguales a los que tenias antes), pero ahora seleccionas el formato dominio.com/usuario
Yo lo probe en mi localhost y funciono sin problemas y sin perder información. Intentalo y ahi cuentas como te fue.